航空人员体检鉴定中心隶属于民航华东地区管理局，前身为华东民航空勤兼职体检队, 创建于一九八九年，由原上海管理局卫生处在抽调机场卫生队和各飞行大队航医以及民航上海医院各科骨干医师的基础上成立了非专职的空勤体检队，负责飞行人员 住院后的体检鉴定和零星体检鉴定，一九九五年六月建制整体放置民航上海医院,成立了民航华东空勤体检队，民航华东管理局将其兼职空勤体检队的职能移交给了 民航上海医院。

      一九九五年八月由民航华东管理局正式下文成立了民航华东管理局航空体检队，为副处级单位，队长由分管业务的副院长担任，体检医师由各科骨干医师组成，设有内科、外科、眼科、眼耳鼻咽喉科和妇产科等体检科室，主要负责华东地区六省一市（即山东、江苏、江西、安徽、浙江、福建、上海）辖区内基地 航空公司空勤人员以及航管人员的体检鉴定。

      二○○二六月更名为民航华东地区管理局航空人员体检鉴定中心并由民航总局根据CAAC—183FS正式得到委任，成为全国11家得到委任或认可的单位代表，主要承担民航华东地区航空人员的体检鉴定和航空医学研究等任务。近年来针对华东地区航空体检市场的发展，从 业的航空人员增速加大的现状，及时调整战略，坚持“以人为本、受检者至上、信誉第一”的服务宗旨，全方位开展为民航华东地区航空人员服务，在体检质量上达 到了较高的水平，获得了良好的社会和经济效益。

      航空人员体检鉴定中心医疗执业注册地在民航上海医院，工作场所位于医院内，医院的所有医疗仪器均能共享。体检中心的人员也由95年的8名兼职体检医师发展到现今的30名固定工作人员，其中航空人员体检委任代表20名,其中主检医师3名，内科医师6名，外科医师 4名，耳鼻咽喉科医师4名，眼科医师3名。2009年5月医院又根据业务的发展，在管理局授权的框架内对体检鉴定中心内部科室进行了优化设置，设置了正科级的二级机构，人员编制达35人，明确了各科室的职责，为体检鉴定中心的有序发展奠定基础。